1995-ci ildə ali hərbi təhsilini başa vuran Şükür Həmidov, Müdafiə Nazirliyinin əmrinə əsasən Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Naxçıvan MR ərazisində yerləşən hərbi hissələrinə göndərilmişdir və 11 il orada xidmət eləmişdir.
Şükür Həmidov 1995-ci il iyunun 7-dən 1999-cu il iyunun 22-nə qədər Culfa şəhərində "N" saylı hərbi hissədə Motoatıcı Tağımın Komandiri vəzifəsində xidmət etmişdir.[6] Qüsursuz xidmətinə görə ona Müdafiə Nazirliyinin 20 iyun 1997-ci il tarixli əmrinə əsasən "leytenant" hərbi rütbəsi verilmişdir.
Daha sonra o, 1999-cu il iyunun 22-dən 2002-ci il sentyabrın 1-nə qədər Şahbuz şəhərində "N" saylı hərbi hissədə Motoatıcı Bölüyün Komandiri vəzifəsində xidmət eləmişdir. 3 il ərzində ona 2 dəfə yeni hərbi rütbə verilmişdir — 1999-cu il iyunun 30-da "baş leytenant" hərbi rütbəsi, 2002-ci il iyunun 30-da isə "Kapitan" hərbi rütbəsi almışdır.
2002-ci il sentyabrın 1-də Şükür Həmidov Şahbuz şəhərində "N" saylı hərbi hissədə Motoatıcı Tabor Komandirinin müavini vəzifəsinə təyin edilmişdir. 2003-cü il sentyabrın 25-nə qədər bu vəzifədə xidmət edən Şükür Həmidov, 2003-cü il sentyabrın 25-dən 2005-ci il iyulun 15-nə qədər Naxçıvan şəhərində "N" saylı hərbi hissədə Motoatıcı Taborun Qərargah rəisi vəzifəsində xidmət eləmişdir.
2005-ci il iyunun 30-da "mayor" hərbi rütbəsi almasından 15 gün sonra isə o, həmin hərbi hissədə Motoatıcı Taborun Komandiri vəzifəsinə təyin edilmişdir. 2006-cı il avqustun 10-na qədər həmin vəzifədə xidmət edən Şükür Həmidov, 2006-cı ilin avqustunda Müdafiə Nazirliyi tərəfindən ixtisasın artırılması üçün Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Hərbi Akademiyasına göndərilmişdir. 2008-ci il iyunun 25-də təhsilini uğurla başa vurmuşdur.
Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Naxçıvan MR ərazisində yerləşən hərbi hissələrində 11 il qüsursuz xidmət edən Şükür Həmidov, 2008-ci il iyunun 25-də Ağcabədi rayonunda "N" saylı hərbi hissədə 1-ci Taborun Komandiri vəzifəsində xidmət eləməyə başlamışdır. 2009-cu il sentyabrın 10-na qədər bu vəzifədə xidmət edən Şükür Həmidov, növbəti dörd il ərzində müxtəlif hərbi hissələrdə Qərargah rəisi vəzifəsində xidmət eləmişdir.
2009-cu il sentyabrın 10-dan 2011-ci il iyunun 18-nə qədər Füzuli rayonunun Horadiz şəhərində "N" saylı hərbi hissədə Komandirin müavini — Qərargah rəisi vəzifəsində xidmət edən Şükür Həmidov, qüsursuz xidmətinə görə 30 iyun 2010-cu ildə "polkovnik-leytenant" hərbi rütbəsi almışdır. Daha sonra o, 2011-ci il iyunun 18-dən 2012-ci il fevralın 12-nə qədər Beyləqan rayonunda "N" saylı hərbi hissədə Komandirin müavini — Qərargah rəisi, 2012-ci il fevralın 12-dən 2013-cü il yanvarın 18-nə qədər isə Ağcabədi rayonunda "N" saylı hərbi hissədə Komandirin müavini — Qərargah rəisi vəzifəsində xidmət eləmişdir.
Müdafiə Nazirliyinin 18 yanvar 2013-cü il tarixli əmrinə əsasən Şükür Həmidov Tərtər rayonunda "N" saylı hərbi hissənin Komandiri vəzifəsinə təyin edilmişdir. 2014-cü il fevralın 15-nə qədər bu vəzifədə çalışan Şükür Həmidov, daha sonra 9 ay ərzində Bərdə rayonunda "N" saylı hərbi hissədə xidmət eləmişdir. O, 2014-cü il fevralın 15-dən 2014-cü il mayın 9-na qədər əməliyyat şöbəsi (N) rəisinin qoşun xidmətinə nəzarət üzrə baş yardımçısı, 2014-cü il mayın 9-dan 2014-cü il noyabrın 27-nə qədər isə əməliyyat şöbəsi (N) rəisinin müavini vəzifəsində çalışmışdır.
Daha sonra Şükür Həmidov yenidən cəbhə bölgələrində xidmətini davam eləmişdir. O, 2014-cü il noyabrın 27-dən 2015-ci il fevralın 3-nə qədər Goranboy rayonunda "N" saylı hərbi hissəsində Komandirin müavini — Qərargah rəisi vəzifəsində xidmət eləmişdir. Ardınca isə 2015-ci il fevralın 3-dən 2015-ci il iyulun 15-nə qədər Horadiz şəhərində "N" saylı hərbi hissəsində Komandirin müavini — Qərargah rəisi vəzifəsinə, həmin il iyulun 15-də isə "N" saylı hərbi hissənin Komandiri vəzifəsinə təyin edilmişdir.
